2013年5月18日，甲省中烟工业公司通过证件管理系统申办了三份烟草专卖品准运证。甲省A市烟草专卖局于次日审批完毕，并批准甲省中烟工业公司本地打印制作该批准运证。5月19日，甲省中烟工业公司在打印时发现其中一份准运证记载的数量错误。同时，因为工作人员小王操作失误，导致第二份准运证打印错误。因小王忙于为第一份准运证申请作废，2小时后才发现第二份准运证打印错误的情况。第一份数量记载错误的准运证应由哪一级烟草专卖行政主管部门作废？请简要说明理由，并简要回答该部门的作废程序。