李某向甲行政机关申请并办理了从业资格证。出于公共安全和公众利益的考虑，原据以颁证的某国务院行政法规对取得该从业资格证，新增了学历、安全知识等两项条件。据此，甲行政机关对该从业资格证进行了清理。因李某的学历达不到该行政法规规定的学历标准，甲行政机关可以决定撤回其从业资格证。