根据《湖南省房屋建筑和市政基础设施工程施工监理招标投标失信黑名单管理暂行办法》的相关要求，招标代理机构经过允许，修改经招标人同意并加盖了招标人公章的工程招标代理成果文件应当被列入招标代理机构的黑名单。