某设备厂筹资新建一生产流水线，该工程设计已完成，施工图纸齐备，施工现场已完成“三通一平”工作，已具备开工条件。在招标投标过程中，发生了下列事项。工程施工招标委托招标代理机构采用公开招标方式代理招标。招标代理机构编制了标底（2800万元）和招标文件。招标文件中要求工程总工期为365天。按国家工期定额规定，该工程的工期应为460天。通过资格预审并参加投标的共有A、B、C、D、E等五家施工单位。在投标报价的编制方面，A、D、E三家单位的做法是：A单位为了不影响中标，又能在中标后取得较好收益，在不改变总报价基础上对工程内部各项目报价进行了调整，提出了正式报价，增加了投标单位所得工程款现值。 D单位认为工程价款按季度支付不利于资金周转，决定在按招标文件要求报价之外，另建议业主将付款条件改为工程预付款降低到5，，工程款按月支付，其余条款不变。E单位首先对招标文件进行报价，然后在分析招标文件的设计和施工方案的基础上提出了一种新方案（缩短了工期，且可操作性好），并进行了相应报价。开标会议由招标代理机构主持，开标结果表明这五家投标单位的报价均高出标底价近300万元，这一异常引起了招标人的注意。为了避免招标失败，业主提出由招标代理机构重新复核和制定新的标底。招标代理机构复核标底后，确认是由于工作失误，漏算了部分工程项目，使标底价偏低。在修正错误后，招标代理机构重新确定了新的标底。A、B、C等三家投标单位认为新的标底不合理，向招标人提出要求撤回投标文件。 由于上述问题纠纷导致定标工作在原定的投标有效期内一直没有完成。为早日开工，该业主更改了原定工期和工程结算方式等条件，指定了其中一家施工单位中标。 上述招标工作存在哪些问题？